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公布日期
2019-03-22 公布专利
2019-03-19 公布专利
2019-03-15 公布专利
2019-03-12 公布专利
2019-03-08 公布专利
2019-03-05 公布专利
2019-03-01 公布专利
2019-02-26 公布专利
2019-02-22 公布专利
2019-02-19 公布专利
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基于Nanopore测序技术识别辐射损伤中嘧啶二聚体的模型构建澳门星际官网网址有效

申请号: CN201810627357.0 全文下载
申请日: 2018-06-15 公开/公告日: 2019-03-12
公开/公告号: CN108804867B 主分类号: G16B5/00
申请/专利权人: 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院
发明/设计人: 李昊;陈河兵;洪浩;张卓;黄昕;江帅;李睿江;李宛莹;伯晓晨
分类号: G16B5/00;G16B25/00
搜索关键词: 嘧啶二聚体 测序技术 模型构建 损伤 训练集合 辐射 基因测序技术 机器学习 目标训练 阳性样本 阴性样本 二聚体 构建 可用 预测
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【摘要】:
本发明公开了一种基于Nanopore测序技术识别辐射损伤中嘧啶二聚体的模型构建澳门星际官网网址,涉及基因测序技术领域。该模型构建澳门星际官网网址通过将阳性样本训练集合P和阴性样本训练集合N作为机器学习输入,构建目标训练模型。通过该识别模型,可以对辐射损伤引起的嘧啶二聚体进行识别,该识别模型可用于Nanopore测序技术,对DNA序列发生变化例如TT二聚体进行预测。
 
【主权项】:
1.一种基于Nanopore测序技术识别辐射损伤中嘧啶二聚体的模型构建澳门星际官网网址,其特征在于,其包括如下步骤:步骤(1):提供目标测序序列及其对应的目标测序序列电信号,所述目标测序序列由Nanopore测序技术对UV照射后的酵母细胞进行测序得到;步骤(2):将所述目标测序序列与参考序列比对,获得比对准确的具有连续两个TT以上的位点的连续TT集合S,其中,所述参考序列为酵母基因组序列;步骤(3):以所述连续TT集合S与预先设置的TT二聚体集合B的交集作为机器学习的阳性样本训练集合P,以所述连续TT集合S与所述预先设置的TT二聚体集合B的的差集作为机器学习的阴性样本训练集合N;步骤(4):分别将阳性样本训练集合P和阴性样本训练集合N中的连续TT位点向其上下游各拓展4bp,得到覆盖TT二聚体位点的10bp碱基序列,根据步骤(1)中的所述目标测序序列电信号获取每个10bp碱基序列相对应的电信号特征;以得到与所述阳性样本集合P对应的阳性样本碱基序列集和阳性样本电信号特征集,以及与所述阴性样本集合N对应的阴性样本碱基序列集和阴性样本电信号特征集;步骤(5):将步骤(4)的阳性样本训练集合P和阴性样本训练集合N作为机器学习输入,构建目标训练模型;其中,TT是指胸腺嘧啶二聚体。
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